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原生生物界门下纲：
原生生物中sar超群之不等鞭毛门：
不等鞭毛门（heterokontophyta
或
stramenopiles）是一个多样化的类群，包含光合作用和非光合作用的原生生物。其分类体系可能因研究进展而调整，但目前公认的主要纲如下：
1.
光合作用的纲（含叶绿体，通常为藻类）
硅藻纲（bacillariophyceae）
单细胞或群体，细胞壁由硅质壳组成，海洋和淡水生态系统中重要初级生产者。
金藻纲（chrysophyceae）
多数为淡水种类，部分具硅质鳞片或鞭毛，如金藻（golden
algae）。
黄藻纲（xanthophyceae）
淡水和潮湿土壤中常见，色素以叶绿素c和β胡萝卜素为主（如黄绿藻）。
褐藻纲（phaeophyceae）
大型多细胞海藻（如海带、昆布），含岩藻黄素，是重要的海洋生态系统组成。
定鞭藻纲（prymnesiophyceae
或
haptophyceae）
部分分类系统将其归入独立门，但传统属于不等鞭毛类，如颗石藻（olithophores）。
针胞藻纲（raphidophyceae）
淡水或海洋种类，部分有毒（如赤潮生物）。
2.
非光合作用的纲（无叶绿体）
卵菌纲（oomycetes）
类似真菌但亲缘关系远，包括植物病原体（如马铃薯晚疫病菌
phytophthora）。
丝壶菌纲（hyphochytriomycetes）
寄生或腐生，菌丝体简单，与卵菌近缘。
蛙片菌纲（bicosoecida）
自由生活的单细胞鞭毛虫，通常附着在基质上。
伪真菌纲（labyrinthulomycetes）
包括网黏菌（labyrinthula）和破囊壶菌（thraustochytrium），部分产生omega3脂肪酸。
领鞭毛虫纲（choanoflagellida，部分分类归入此处）
与动物界近缘，但形态学上曾归为不等鞭毛类。
其他争议或小纲
pelagophyceae（浮游藻类，如褐胞藻）
eustigmatophyceae（淡水或土壤中的微藻）
dictyochophyceae（硅鞭藻类，部分为化石种类）
注意事项
分类可能因分子系统学研究更新（如部分类群被重新划分）。
非光合作用的类群（如卵菌）曾长期被误认为真菌，现通过基因证据归入不等鞭毛门。
囊泡虫门（alveolata）包括三个主要亚门：甲藻亚门（dinoflagellata）、顶复亚门（apiplexa）
和
纤毛虫亚门（ciliophora）。以下是各亚门的主要纲的分类（基于当前主流分类系统，可能因研究进展有所调整）：
1.
甲藻亚门（dinoflagellata）
甲藻多为单细胞，部分具光合作用（如共生甲藻
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